Σ’ έναν όρμο στις ανατολικές ακτές της χερσονήσου, σε απόσταση δυο ωρών από τις Μονές Εσφιγμένου και Παντοκράτορα, 50 μ. πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας, είναι κτισμένη η Μονή Βατοπαιδίου. Από το 1046, τη χρονιά που ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος Θ’ ο Μονομάχος υπέγραψε το δεύτερο Τυπικό, η Μονή Βατοπαιδίου κατέχει τη δεύτερη θέση στην ιεραρχία των αγιορείτικων Μονών και διατηρεί αυτή τη θέση μέχρι σήμερα.
Συμφωνά με την παράδοση, τον 4ο αιώνα, στη διάρκεια μιας φοβερής καταιγίδας, ένα τεράστιο κύμα παρέσυρε στη θάλασσα απ’ ένα πλοίο το νεαρό γιό του αυτοκράτορα Θεοδόσιου, πρίγκιπα Αρκάδιο. Το παιδί σώθηκε από την Αγία Παρθένο και βρέθηκε αργότερα να κοιμάται κάτω από ένα θάμνο βάτου στις ακτές του όρμου. Για να ευχαριστήσει την Παναγία για τη σωτηρία του γιου του, ο αυτοκράτορας Θεοδόσιος έκτισε τη Μονή Βατοπαιδίου. Μια άλλη, πιθανή προέλευση του ονόματος της Μονής είναι οι πολυάριθμοι αγκαθωτοί βάτοι που καλύπτουν την περιοχή από την παραλία μέχρι τις παρυφές του δάσους. Ιστορικά επιβεβαιώνεται ότι η Μονή άρχισε να κτίζεται το 972, τη χρονιά του πρώτου Τυπικού που υπόγραψε ο αυτοκράτορας Ιωάννης Τσιμισκής. Τρείς μοναχοί ήταν οι κτήτορες της Μονής, ο Αθανάσιος, ο Αντώνιος και ο Νικόλαος, ο οποίος αργότερα έγινε ο ηγούμενος της Βατοπεδίου. Οι μοναχοί είχαν έλθει στο Όρος από την Αδριανούπολη ως υποστηρικτές του Αγίου Αθανασίου, και ήταν ο ιδρυτής της Μεγίστης Λαύρας που τους υπόδειξε ν’ ακολουθήσουν το παράδειγμα του. Η οικοδόμηση των πρώτων κτιρίων έγινε δυνατή με γενναιόδωρες προσφορές του αυτοκράτορα Μανουήλ Α’ Κομνηνού (1143-1180). Στο τέλος του αιώνα, οι ιδρυτές της Μονής Χελανδαρίου, οι μοναχοί Σάββας και Συμεών, που προέρχονταν από τη Μονή Βατοπαιδίου, οικοδόμησαν και άλλα κτίρια και οχυρώσεις. Λίγο αργότερα ζήτησαν και έλαβαν το Κελί Μηλέα, όπου οι δυο μοναχοί ίδρυσαν τη Μονή Χελανδαρίου. Η στενή και θερμή σχέση ρπαξύ των δυο Μονών χρονολογείται από τότε. Οι μοναχοί κάθε Μονής παρευρίσκονται κάθε χρόνο στον εορτασμό της άλλης, και όταν εκλέγεται νέος ηγούμενος στην πρώτη του επίσκεψη στην άλλη Μονή, δέχεται σαν δώρο από τον οικοδεσπότη μια ηγουμενική ράβδο και έλα επιστήθιο σταυρό.
Το 1203, οι Φράγκοι κατέλαβαν το Βυζάντιο στη διάρκεια της 4ης Σταυροφορίας και στην ίποχή του Ανδρόνικου Β’ (1282-1328) Κατα-.Ιανοί σταυροφόροι μισθοφόροι λεηλάτησαν τις Μονές του Όρους, με την ενθάρρυνση του Πατριάρχη Ιωάννη Βέκκου, που υποστήριζε την ένωση της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας με την Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία, γι’ αυτό και ήταν πολΰ μισητός στον Άθω). Η Μονή Βατοπεδίου επίσης υπόφερε από τέτοιες αρπακτικές επιδρομές και σχεδόν καταστράφηκε εντελώς. Λίγο αργότερα όμως ο Ανδρόνικος προσπάθησε να επουλώσει τις πληγές που ο ίδιος είχε προκαλέσει και το 1292 πρόσφερε σημαντικά χρηματικά ποσά για την ανακαίνιση της Μονής, που είχε λεηλατηθεί και καταστραφεί και την οδήγησε τώρα σε μια νέα περίοδο ευημερίας. Ο Λάζαρος Α’, που κυβέρνησε τη Σερβία τον 14ο αιώνα, ήταν ένας από τους μεταγενέστερους ευεργέτες της Μονής. Το δώρο του, η Ζώνη της Παναγίας (την οποία λέγεται ότι η ίδια κληροδότησε στους Αποστόλους πριν από την Κοίμηση της), ήταν το ιερότερο κειμήλιο του ναού της Αγίας Σοφίας. Άλλοι ευεργέτες υπήρξαν ο ηγεμόνας της Μολδαβίας Στέφανος ο Μεγάλος (1457-1504) και δούκες των παραδουνάβιων χωρών.
Το γεγονός ότι ο βασιλιάς της Σικελίας Αλφόνσος υποχρεώθηκε να θέσει ρητά εκτός νόμου την πειρατεία μ’ ένα χρυσόβουλο και να επιβάλει φοβερές τιμωρίες στους παραβάτες, δίνει μια ιδέα των κίνδυνων και των δοκιμασιώνπου υπόφερε το Άγιον Όρος. Τα οικοδομήματα που προσδίδουν στο Βατοπαίδι μέχρι σήμερα τη χαρακτηριστική του μορφή, χρονολογούνται από την περίοδο της κτιριακής ανάπτυξης στις αρχές του 18ου αιώνα, και η κατασκευή τους πραγματοποιήθηκε, σε μεγάλο βαθμό, με τις προσφορές των πατριαρχών Κυηριανού της Κωνσταντινούπολης και Γεράσιμου Β’ της Αλεξάνδρειας.Όμως σύντομα μετά στην περίοδο της Τουρκικής κατοχής, άρχισε η παρακμή της Βατοπεδίου. Η Μονή αναγκάστηκε να πουλήσει μεγάλο μέρος της περιουσίας που κατείχε στην κυρίως Ελλάδα και στις γειτονικές χώρες, για να εγγυηθεί τουλάχιστον την πολΰ λιτή διαβίωση των μοναχών της.
Το 1743 άρχισε μια νέα περίοδος ευημερίας, η οποία οφείλεται στην ίδρυση, κοντά στη Μονή, της Αθωνιάδος Σχολής, που έγινε η πιο φημισμένη σχολή του Αγίου Όρους. Σ’ αυτή την περίοδο, οι Ρώσοι τσάροι έκαναν μεγάλες δωρεές και συνεισέφεραν μ’ αυτόν τον τρόπο στην ευημερία της Μονής, η οποία συνέχισε να ακμάζει έως τις αρχές του 19ου αιώνα, μέχρι την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης.
Η ευρύχωρη αυλή της Μονής Βατοπεδίου μοιάζει πολΰ με κεντρική πλατεία μιας μικρής μεσαιωνικής πόλης. Εκτός από τα μεγάλα κτίρια του Καθολικού και της Τράπεζας, πολυάριθμα παρεκκλήσια σχηματίζουν εσοχές και μικρές αυλές. Νερό αναβλύζει από μαρμάρινα σιντριβάνια που χρονολογούνται σε διάφορες περιόδους, και κλίμακες και αψιδωτά πρόπυλα οδηγούν στις εισόδους ποικιλόχρωμων οικοδομημάτων. Ο τρούλος του Καθολικού στηρίζεται σε τέσσερις κίονες από πορφυρίτη Ραβέννας και τα Βυζαντινά ψηφιδωτά στους τοίχους της εκκλησίας είναι σπάνια και πολύτιμα έργα τέχνης. Σήμερα μόνο μερικά ίχνη έχουν απομείνει από αυτά τα ψηφιδωτά, τα οποία ήταν από τα πιο εξαιρετικά της Βυζαντινής περιόδου και κάλυπταν, με την εντυπωσιακή μεγαλοπρέπεια τους, όλο το εσωτερικό της εκκλησίας -όπως για παράδειγμα το τύμπανο της εισόδου στο νάρθηκα, όπου υπάρχει η Δέησις σε χρυσό φόντο. Οι τοιχογραφίες του εσωτερικού της εκκλησίας και του νάρθηκα αποδίδονται σε αγιογράφους της Μακεδονικής Σχολής. Χρονολογούνται από το 14ο αιώνα και είναι από τις παλαιότερες και πιο αξιοσημείωτες τοιχογραφίες στο Άγιον Όρος. Πραγματοποιήθηκαν με δωρεά του αυτοκράτορα Ανδρόνικου Β’ και περιλαμβάνουν παραστάσεις σκηνών από τη ζωή της Παναγίας και μια αγιογραφία της Δευτέρας Παρουσίας. Αργότερα, το 1739 και το 1819, οι τοιχογραφίες αυτές επιζωγραφίστηκαν, αλλά το πρότυπο έργο φαίνεται πολΰ καθαρά σε ορισμένα σημεία. Σΰμφωνη με την υψηλή καλλιτεχνική ποιότητα ολόκληρου του ναού, είναι και η μαρμάρινη διακόσμηση του δαπέδου.
Απέναντι από το Καθολικό, στην Τράπεζα του αιώνα με τις τρείς αψίδες και τοιχογραφίες του 1786, διατηρούνται ακόμη τα παλιά γκριζόασπρα τραπέζια από πορφυρίτη, τα οποία έχουν καταστραφεί σχεδόν σ’ όλες τις άλλες Μονές από βανδαλισμούς πειρατών ή κατακτητών. Κάτω από την οροφή του πύργου του Καθολικού, στην εξωτερική πλευρά, υπάρχει ρολόι και δίπλα του μια εξωτική ανδρική φιγούρα ο “Αράπης”, που κτυπά την καμπάνα j ένα σφυρί δηλώνοντας τις ώρες. Το κωδωνοστάσιο είναι ανεξάρτητο από το ναό και οικοδομήθηκε το 1427. Σχεδόν ενσωματωμένη στο νάρθηκα του Καθολικού είναι η φιάλη με κομψή οροφή που υποβαστάζεται από λεπτούς μαρμάρινους κίονες. Το εσωτερικό του θόλου της οροφής στολίστηκε το 1810 με τοιχογραφίες που αναπαριστούν τον Ιωάννη το Βαπτιστή στον Ιορδάνη και την Πεντηκοστή. Εκτός απ’ αυτά τα ανεκτίμητα έργα τέχνης, η Μονή κατέχει κι άλλους θησαυρούς στη βιβλιοθήκη και το σκευοφυλάκιο.