Τα κύματα του Στρυμονικού κόλπου χτυπούν σχεδόν ακατάπαυστα τους βράχους ύψους 50 μ. στις ανατολικές ακτές της χερσονήσου του Άθω, πάνω στους οποίους δεσπόζει η Μονή του Παντοκράτορα, τρισήμισυ ώρες πεζοπορία από την πρωτεύουσα των Καρυών που βρίσκεται στα νοτιοδυτικά. Ένα έγγραφο υπογραμμένο από τον πατριάρχη Κωνσταντινούπολης Κάλλιστο, επιβεβαιώνει το 1357 ως χρονιά ίδρυσης της Μονής, όταν άρχισε η οικοδόμηση του Καθολικού. Το κτίριο ολοκληρώθηκε λίγα χρόνια αργότερα, το 1363, όπως μαρτυρεί μια επιγραφή σύμφωνα με την οποία η Μονή ιδρύθηκε από τον Αλέξιο τον Στρατοπεδάρχη και τον αδελφό του Ιωάννη το Μεγάλο Πριμικήριο (που σκόπευαν να γίνουν δόκιμοι μοναχοί και να ζήσουν το υπόλοιπο της ζωής τους στη Μονή). Ο αυτοκράτορας Ιωάννης Δ’ Παλαιολόγος, συγγενής των κτητόρων, χορήγησε σημαντικά χρηματικά ποσά στον Αλέξιο και τον Ιωάννη και οι επιχορηγήσεις αυτές συνεχίστηκαν από τους διαδόχους του. Μια επιγραφή, η οποία αναφέρει την περίπτωση τρίτου κτήτορα πριν από το 1536, το Μεγάλο Λογοθέτη της Ουγγαρίας-Βλαχίας Στανλού, αφαιρέθηκε το 1847 από το νάρθηκα του Καθολικού όταν το κτίριο υπέστη μετατροπές. Το 1390. ακριβώς είκοσι χρόνια μετά την ολοκλήρωση των οικοδομικών εργασιών, η Μονή Παντοκράτορος καταστράφηκε από πυρκαγιά, αλλά ξανακτίστηκε χάρη στη γενναιόδωρη βοήθεια των κτητόρων, του αυτοκράτορα Μανουήλ Β’ Παλαιολόγου (1391-1425) και του πατριάρχη Αντώνιου Δ’ (1389-1390).
Την εποχή εκείνη οι μικρότερες Μονές του Φακίνου, Φαλακρού, Σωρήτη και Αγίου Δημητρίου, η οποία επιβιώνει σήμερα ως Σκήτη, πέρασαν στη δικαιοδοσία της Μονής Παντοκράτορος.
Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης, αρχικά Ρουμάνοι ηγέτες υποστήριξαν τη Μονή. Μετά τις δοκιμασίες από τις επιδρομές και λεηλασίες των Τούρκων κατακτητών τον 15ο αιώνα, μια περίοδος μεγάλης ευημερίας άρχισε για τη Μονή τον 16ο αιώνα, με τη γενναιόδωρη υποστήριξη των ηγεμόνων της Βλαχίας. Η θέση της ως έβδομη στην ιεραρχία των αγιορείτικων Μονών την οποία διατηρεί μέχρι τις μέρες μας, χρονολογείται από εκείνη την εποχή.
Ο πιο σημαντικός από τους ευεργέτες της Μονής Παντοκράτορος το 18ο αιώνα ήταν ο φαναριώτης Έλληνας Ιωάννης Μαυροκορδάτος 1716-1719). Η υποστήριξη της Μεγάλης Αικατερίνης της Ρωσίας εκφράστηκε με την άδεια που έδωσε στους μοναχούς της Μονής να συγκεντρώνουν χρήματα στην επικράτεια της. Μια καταστροφική πυρκαγιά το 1773 για μια ακόμη φορά κατέστρεψε σχεδόν ολόκληρο το μοναστικό συγκρότημα και η ανοικοδόμηση πραγματοποιήθηκε χάρη στην τεράστια προσπάθεια του μοναχού και σκευοφύλακα Κύριλλου. Μετά τους δύο παγκόσμιους πολέμους, άλλη μια πυρκαγιά ισοπέδωσε τη βόρεια πτέρυγα της Μονής. Τα κτίρια ανοικοδομήθηκαν από την Υπηρεσία Αναστηλώσεων.
Το Καθολικό της Μονής Παντοκράτορος είναι το μικρότερο στο Άγιον Όρος. Οι παλαιότερες τοιχογραφίες, από το 1538, επιζωγραφίστηκαν από το Ματθαίο Ιωάννη από τη Νάουσα. Υπάρχουν όμως κομμάτια των παλαιότερων τοιχογραφιών που έχουν διατηρηθεί μέχρι σήμερα, όπως η Δέησης και η Κοίμησης της Θεοτόκου και διάφορες εικόνες Αγίων. Εκτός από τους τάφους των κτητόρων της Μονής, το Καθολικό έχει ένα πολύ όμορφο τέμπλο που χρονολογείται στη περίοδο 1622-1640.
Στο κτίριο πραγματοποιήθηκαν αλλαγές το 1847, όταν οι δυο νάρθηκες ενώθηκαν σ’ ένα μεγάλο εσωνάρθηκα, στον οποίο προστέθηκε ένας νέος υαλόφρακτος εξωνάρθηκας.
Η Τράπεζα απέναντι στο Καθολικό, κτισμένη το 1741, είναι ενσωματωμένη στην πτέρυγα με τα κελιά των μοναχών και αγιογραφήθηκε το 1749. Το κτίριο επεκτάθηκε το 1866. Πολλά από τα πιο πολύτιμα βιβλία και χειρόγραφα στη βιβλιοθήκη ευτυχώς διασώθηκαν από τις πυρκαγιές. Σήμερα η συλλογή περιλαμβάνει 3.500 έντυπα έργα, δυο ειλητάρια και σχεδόν 350 κώδικες. Μερικές από τις 70 περίπου περγαμηνές που περιέχει είναι εξαίσια έργα τέχνης. Ιδιαίτερη μνεία πρέπει να γίνει στον κώδικα αρ. 61, ένα εικονογραφημένο ψαλτήρι του 9ου αιώνα και στον κώδικα αρ. 234 με το αργυρό δέσιμο. Αν και οι διαστάσεις του είναι 17×12,4 εκατοστά, περιέχει 547 περγαμηνές σελίδες και η μικροσκοπική γραφή του εικονογραφημένου κειμένου είναι μόλις ένα χιλιοστό, και χρειάζεται μεγεθυντικός φακός για να διαβαστεί.
Στο σκευοφυλάκιο βρίσκονται κομμάτια της ασπίδας του Αγίου Μερκούριου, θαυματουργές εικόνες, κομμάτια του Τιμίου Ξύλου, χρυσοκεντημένα πέπλα, και ιερά λείψανα, όπως το δεξί πόδι του Αγίου Ανδρέα, τα λείψανα των Αγίων Κοσμά και Δαμιανού των δυο θαυματουργών γιατρών, και πολλών άλλων αγίων. Η εικόνα που τιμάται περισσότερο στη Μονή Παντοκράτορος είναι της Παναγίας της Γερόντισσας. Λέγεται ότι πριν πολλά χρόνια, σε μια λειτουργία, η εικόνα της Παναγίας της Γερόντισσας, διέταξε το λειτουργούντα ιερέα να συντομεύσει την Ακολουθία για να κοινωνήσει τον ετοιμοθάνατο ηγούμενο.
Η Ρωσική σκήτη του Προφήτη Ηλία, που βρίσκεται σε μια πλαγιά γεμάτη δέντρα πάνω από τη Μονή, ανήκει στη Μονή Παντοκράτορος. Ο γνωστός Ρώσος μεταρρυθμιστής και μοναχός Παϊσιος Βελτσόφσκι έζησε εκεί από το 1757. Στα επόμενα χρόνια, η Σκήτη επεκτείνονταν συνέχεια δημιουργώντας προστριβές με τη Μονή. Ο πατριάρχης Νεόφυτος Β’ τέλειωσε τις διαμάχες με σιγίλιο με το οποίο η Σκήτη αποδόθηκε οριστικά στη Μονή. 16 Κελιά και 30 Καλύβες επίσης ανήκουν στη Μονή, η οποία είναι αφιερωμένη στη Μεταμόρφωση που τιμάται στις 6 Αυγούστου.