H Μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται σε μια μικρή ράχη βράχου, ανάμεσα σε δυο χείμαρρους με φόντο τις βόρειες απότομες πλαγιές του Όρους Άθω. Μερικά από τα κτίρια των νεώτερων χρόνων οικοδομήθηκαν με τσιμέντο και επεκτείνονται πάνω στην αφιλόξενη πλαγιά μέχρι τις προσχώσεις που αποθέτει ο νότιος χείμαρρος, ο οποίος ορμά προς τα κάτω μέσα από τα απότομα φαράγγια του Όρους Άθω. Όταν λειώνουν τα χιόνια ή μετά από κάποια θύελλα, ο χείμαρρος μεταμορφώνεται σε γρήγορο και επικίνδυνο ποτάμι. Δεν είναι λίγες οι φορές που συνέτριψε και παρέσυρε ολόκληρα κτίρια με τη μανία του. Ζημιές επίσης προξενούν οι χιονοστιβάδες που επανειλημμένα έχουν καταστρέψει διάφορα οικοδομήματα της Μονής.
Στη θέση όπου ήταν κτισμένη στην αρχαιότητα η μικρή πόλη Παλαιοχώριο, βρίσκεται ο αρσανάς της σε απόσταση μισής ώρας από τη Μονή, η οποία είναι κτισμένη σε υψόμετρο 140 μ. Ο δρόμος περνά πάνω από τους τεράστιους ογκόλιθους που οι δυο χείμαρροι παρασύρει κατά καιρούς. Την άνοιξη, το αφιλόξενο αυτό τοπίο μεταβάλλεται ριζικά όταν η φύση ανθίζει σκεπάζεται μ’ ένα εξαίρετο χαλί λουλουδιών.
Υπάρχουν πολλές ιστορίες γύρω από την έλευση του ονόματος της Μονής. Η πιο πειστική όμως είναι αυτή που σχετίζεται με το μοναχό Παύλο Ξηροποταμηνό, τον κτήτορα της Ξηροποτάμου, ο οποίος, στα τελευταία χρόνια της ζωής του, αποσύρθηκε στην απομόνωση της περιοχής αυτής, για να αφιερωθεί αναπόσπαστα σε πνευματικές ασκήσεις και προσευχή. Όμως, επειδή αρχικά είχε ιδρυθεί ως Κελί της Ξηροποτάμου, δεν ήταν αρκετά σημαντικό να αναφερθεί στο δεύτερο Τυπικό του 1046. Το 1259 αναφέρεται στο χρυσόβουλο του αυτοκράτορα Μιχαήλ Παλαιολόγου ως ένα μικρό μοναστήρι στην ιεραρχία του Αγίου Όρους. Αναφέρεται και στο επίσημο έγγραφο του αυτοκράτορα, αλλά, μετά τις πειρατικές επιδρομές και τις λεηλασίες των Καταλανών, έχασε ξανά την σπουδαιότητα του και υποβιβάστηκε στην ανωνυμία ενός απλού Κελιού.
Μετά απ’ αυτό, δυο Σέρβοι μοναχοί, ο Γεράσιμος Ραδώνιος και ο Αντώνιος Παγάσης από τη Ξυροποτάμου, χάρις στη δική τους σκληρή εργασία ξανάχτισαν τη Μονή Αγίου Παύλου πάνω στα ερείπια της, και πέτυχαν να αναγνωριστεί ως Μονή, η οποία αναφέρεται στο τρίτο Τυπικό του 1394, στη δέκατη όγδοη θέση της αγιορείτικης ιεραρχίας. Η Μονή αναφέρεται για πρώτη φορά ως ανεξάρτητη από τη Μονή Ξηροποτάμου στο επίσημο έγγραφο του πατριάρχη Ματθαίου το 1401. Οι υπόγραφες των ηγουμένων ήταν τότε σε σλαβικό αλφάβητο. Αργότερα όταν και οι Έλληνες μοναχοί άρχισαν να υπογράφουν επίσημα έγγραφα δημιουργήθηκε μια σφραγίδα σε δυο γλώσσες η οποία και χρησιμοποιήθηκε για πάρα πολλά χρόνια.
Οι πρώτοι και σημαντικότεροι ευεργέτες της Μονής ήταν η παντοδύναμη οικογένεια Βράνκοβιτς, δεσπότες της Σερβίας. Ο Γεώργιος Βράνκοβιτς μαζί με τους δυο γιους του Στέφανο και Γρηγόριο, ανέλαβαν την κατασκευή του Καθολικού, που είναι αφιερωμένο στον Άγιο Γεώργιο, σε μνήμη του κτήτορά του. Η κόρη του Μάρα παντρεύτηκε τον Τούρκο σουλτάνο Μουράτ Β’ (1421-1451) για πολιτικούς λόγους, αλλά ο σουλτάνος δεν απαίτησε από τη σύζυγο του ν’ αλλάξει θρήσκευμα. Έτσι τα πλούσια δώρα της Μάρας, σε χρήματα και κτήματα, για μια ακόμη φορά εγγυήθηκαν την ευημερία της Μονής. Όταν μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης, τα κατάλοιπα των “Δώρων των Τριών Μάγων” πέσανε στα χέρια των Τούρκων, η Μάρα αποφάσισε να αποστείλει αυτό τον πολύτιμο θησαυρό στην αγαπημένη της Μονή. Αποβιβάστηκε στην ακτή κάτω από τη Μονή, και άρχισε να ανεβαίνει το λόφο. Ξαφνικά άκουσε μια φωνή από τα ουράνια που την διέταξε να επιστρέψει, γιατί στο Άγιον Όρος υπήρχε χώρος μόνο για μια βασίλισσα, τη Μητέρα του Θεού. Μέχρι σήμερα υπάρχει το παρεκκλήσι, στα μισά του δρόμου που συνδέει την ακτή με τη Μονή, ως ανάμνηση αυτής της αλησμόνητης επίσκεψης γυναίκας στον Άθω.
Η Μονή του Αγίου Παύλου συνέχισε να ευημερεί το 16ο αιώνα με την προστασία και χάρη στη βοήθεια που πρόσφεραν οι ηγεμόνες της Μολδαβίας και Βλαχίας. Το 1521, ο Νεάγκου χρηματοδότησε την οικοδόμηση του οχυρωματικού πύργου στα τείχη, στο πάνω μέρος του συγκροτήματος. Ακριβώς δίπλα στο πύργο είναι το παρεκκλήσι του Αγίου Γεωργίου που κοσμήθηκε με θαυμάσιες αγιογραφίες το 1423-1425 από ζωγράφους της Κρητικής Σχολής. Ο Στέφανος ο Μέγας, ηγεμόνας της Μολδαβίας (1457-1504) ήταν ένας από τους μεγάλους ευεργέτες της Μονής. Η οικονομική υποστήριξη και η επιρροή των απογόνων της δυναστείας Βράνκοβιτς συνεχίστηκε μέχρι το 17ο αιώνα, αλλά σταδιακά μειώνονταν. Τερματίστηκε εντελώς το 1710, όταν οι μοναχοί, τότε στην πλειοψηφία τους Έλληνες, ανέλαβαν την διαχείριση της Μονής. Ακολούθησαν χρόνια σοβαρής οικονομικής κρίσης που οφείλονταν, σε μεγάλο μέρος, στον κεφαλικό φόρο που επέβαλαν οι Τούρκοι κατακτητές. Οι μοναχοί ξεπέρασαν τις φοβερές ελλείψεις και φτώχια της εποχής, χάρη στην οικονομική βοήθεια γενναιόδωρων ευεργετών αλλά πάνω απ’ όλα χάρη στις ακούραστες προσπάθειες του σκευοφύλακα Γρηγορίου. Με τους εράνους που οργάνωσε το 18ο αιώνα στην ανατολική Ευρώπη, συγκέντρωσε αξιόλογα ποσά για την ανακαίνιση της Μονής.
Στις αρχές του 19ου αιώνα, ένας άλλος μοναχός, ο Άνθιμος Κομνηνός από την Σηλυβρία, φίλος του πατριάρχη Γρηγορίου Ε’, ανέλαβε την ανακαίνιση του κτιριακού συγκροτήματος και δώρισε πολλά κτήματα.
Την περίοδο της Ελληνικής Επανάστασης. Μονή καταστράφηκε και παρέμεινε εντελώς έρημη μετά από συνεχείς τουρκικές επιδρομές, αντίποινα για τις ελληνικές επιθέσεις τούρκικο στρατό. Αργότερα, χάρη στις δωρεών των τσάρων Αλεξάνδρου Α’ και Νικολάου Α’ πραγματοποιήθηκε η ανοικοδόμηση των κτιρίων. Οι μοναχοί που επέστρεψαν ήταν σχεδόν όλοι Έλληνες. Το 1902 μια τεράστια πυρκαγιά αφάνισε, για μια ακόμη φορά, τα μισά κτίρια.
Αυτά που οικοδομήθηκαν στα επόμενα χρόνια καταστράφηκαν ξανά από μια τρομερή πλημμύρα των χειμάρρων το 1911. Αυτή τη φορά η ανοικοδόμηση των κτιρίων πραγματοποιήθηκε με τη χρήση σύγχρονης τεχνολογίας οικοδομικών υλικών. Έτσι, με εξαίρεση τις τεράστιες πτέρυγες της Μονής Παντελεήμονος οι οποίες στο μεταξύ κάηκαν από μια μεγάλη πυρκαγιά και καταρρέουν, η Μονή του Παύλου είναι η μόνη που οικοδομήθηκε με τσιμέντο και επιδεικνύει τα χαρακτηριστικά σιδερένια κάγκελα και διακοσμητικά στοιχεία. Οι τοίχοι του Καθολικού, που εγκαινιάστηκε ανήμερα του Αγίου Γεωργίου, καλύπτονται με μάρμαρο όπως και το τέμπλο του ναού. Το Καθολικό, αφιερωμένο στην Υπαπαντή του Κυρίου άντεξε την πυρκαγιά, αλλά από το παλιό Καθολικό των Βράνκοβιτς μόνο ένα μικρό μέρος των τοιχογραφιών διασώθηκε. Η επιγραφή στο μεγάλο πολυέλαιο του ναού, που αναφέρει το όνομα του κατασκευαστή και τη χρονολογία 1659, είναι προβληματική. Είναι γραμμένη στα γερμανικά αλλά με πολλά λάθη.
Ο πολυέλαιος κατασκευάστηκε στη Δρέσδη αλλά είναι πιθανό η επιγραφή να οφείλεται στο Σέρβο μοναχό Ησαΐα που επέβλεψε την κατασκευή του αλλά δεν ήξερε καλά γερμανικά. Το 1920 η βιβλιοθήκη κάηκε και μεγάλο μέρος των περιεχομένων της καταστράφηκε, ιδιαίτερα τα χειρόγραφα σε περγαμηνή. Σήμερα μόνο 500 χειρόγραφα και 10.000 έντυπα βιβλία της πρόσφατης εποχής βρίσκονται στη Μονή. Οι μοναχοί κατόρθωσαν να σώσουν τους θησαυρούς της Μονής από τα χέρια των βαρβάρων που συνεχώς έκαναν επιδρομές. Έτσι στο σκευοφυλάκιο φυλάσσονται εξαιρετικά πολύτιμα κειμήλια όπως τα Δώρα των Μάγων, που διατηρούνται σε μια λειψανοθήκη στο σχήμα διακοσμητικής πόρπης, δυο κομμάτια του Τίμιου Ξύλου, καθώς επίσης ένα όμορφο δίπτυχο από σμάλτο με μια εντυπωσιακή εικόνα του Παντοκράτορα. Το δίπτυχο, διαστάσεων 35×28 εκατ. περίπου, επίσης παριστάνει, σ’ ένα πλαίσιο από μαργαριτάρι την Παρθένο και τον Άγιο Ιωάννη με τους Αρχάγγελους Μιχαήλ και Γαβριήλ δίπλα τους. Προέρχεται από τη διάσημη σχολή Μαάς και κατασκευάστηκε με ειδική τεχνική γύρω στο 1200. Ένα παρόμοιο καλλιτεχνικό προϊόν της ίδιας σχολής βρίσκεται στο μοναστήρι Νόιμπουργκ της Αυστρίας. Εξαιρετικά πολύτιμος επίσης είναι ένας ποιμενικός σταυρός με μαργαριτάρια και 40 μικρογραφίες, που λάμπει μέσα στο κρυστάλλινο κάλυμμα του. Η εικόνα του αγίου Γεωργίου και η εικόνα της Παναγίας Μυροβλήτισσας επίσης διασώθηκαν.
Τρία Κελιά, στις Καρυές, και δύο Σκήτες, υπάρχουν στη Μονή. Η Ρουμανική σκήτη του Λάκκου, στην ανατολική πλευρά του Άθω αφιερωμένη στον Άγιο Δημήτριο που αποτελείται από 20 Καλύβες, και η Νέα Σκήτη, που βρίσκεται στη δυτική ακτή, μισή ώρα δρόμο νοτιοανατολικά της Μονής Αγίου Παύλου.